Kun fayakun. Maka jadi, jadilah ia. Tiada yang mustahil jika Allah mengkehendaki. Allah menguasai langit dan bumi. Ilmu makhluk juga sangat terbatas. Setiap kejadian yang terjadi atas kehendakNya jua.
Pemergian semakin ramai alim ulama menandakan semakin jelas tanda-tanda dunia sudah ke penghujungnya. Baginda Nabi SAW pernah mengingatkan semua manusia bahawa pada satu ketika nanti ilmu akan diangkat oleh Allah SWT sebagai tanda hampirnya kiamat.
Nabi SAW bersabda maksudnya: “Sesungguhnya Allah tidak mencabut ilmu sekali gus daripada hamba-Nya, tetapi Dia mencabut ilmu itu dengan mematikan para ulama, sehingga tiada lagi ulama yang tinggal. Pada saat itu, manusia akan mengangkat pemimpin daripada kalangan orang yang bodoh. Dan ketika pemimpin itu ditanya sesuatu, maka akan keluar daripadanya fatwa yang tidak berasaskan ilmu sehingga mereka tersesat dan menyesatkan.” (Hadis Riwayat al-Bukhari).
Mengetuai organiasi Alkhairaat, madrasah yang melahirkan ramai orang hebat dalam agama, ulama tersohor ini mempunyai puluhan ribu anak murid. Bahkan saat jenazahnya hendak dikebumikan di samping makam adiknya, Habib Sayyid Abdillah bin Muhammad Aljufri, Gabenor turut menghadirinya.
Ramai yang terkesan kejadian awan yang terbuka seolah tembus tepat ke langit. Bahkan ia antara kejadian aneh dapat dirakam.
Sebelum dirinya meninggal, dirinya sempat berpesan tiga kalimah iaitu sampaikan Alkhairaat, hidupkan Alkhairaat, jaga Alkhairaat.
Mewakili keluarga almarhum Habib Saggaf, Habib Ali Hasan Aljufri dalam sambutannya mengatakan bahwa almarhum Habib Saggaf sebelum meninggal dunia berpesan kepada abnaulkhairaat agar menjaga Alkhairaat.
Ali Hasan Aljufri mengisahkan saat detik-detik Habib Saggaf sakit. “Beliau mengucapkan tiga kalimat yang membuat saya bergetar, beliau di saat-saat kritis, beliau berteriak memanggil neneknya Habib Idrus Bin Salim Aljufri (Guru Tua). Beliau mengatakan, ya, Habib Idrus saya sudah menjalankan amanatmu, ya Habib Idrus saya sudah menjalankan amanah, tiga kali Habib Saggaf mengucapkan itu,” kata Habib Ali Hasan Aljufri.